RNA, geralmente preparados através da transcrição de um DNA clonado, que complementa-se a um RNAm ou DNA específico e é geralmente utilizado em estudos de genes virais, distribuição de um RNA específico em tecidos e células, integração de DNA virais a genomas, transcrição, etc. Enquanto as sondas de DNA são freferidas para o uso a um nével mais macroscópico para detecção da presença de DNA/RNA de espécies ou subespécies específicas, as sondas de RNA são preferidas para estudos genéticos. Marcadores convencionais para a sonda de RNA incluem sondas de radioisótopos 32P e 125I e o marcador químico biotina. As sondas de RNAm podem ser ainda subdivididos por categoria em sondas de RNAm plus-sense, sondas de RNAm minus-sense e sondas de RNAm anti-sense.